在朱镕基同志的親自倡導和大力推動下，上海國家會計學院于2000年9月正式組建。學院是財政部直屬事業單位，由財政部和上海市人民政府雙重領導，實行黨委領導下的院長負責制。學院還是中國政府倡導設立的亞太財經與發展學院（AFDI）所在地，該學院是中國政府在APEC框架下倡導建立的第一個旨在促進區域能力建設的機構。

　　十多年來，在財政部的直接領導下，在各級領導的關懷和指導下，在社會各界的大力支持下，上海國家會計學院歷經艱苦創業，積極探索高級財金、會計人才教育規律，適應經濟社會發展對高端人才的需求和會計行業發展戰略，面向國家宏觀經濟部門、國有大中型企業、金融機構和中介機構等開展高層次繼續教育，形成了清晰的辦學思路、辦學模式。逐步形成了學位教育、高層管理培訓、遠程教育“三足鼎立”的事業格局，在經濟社會領域形成了較高的知名度，被譽為會計人員的“精神家園”。

　　建院至今學院培訓各類學員超過334萬人次（其中境外2萬人次），所承擔的全國高端會計人才、國有企業總會計師培訓等一系列國家級、全國性人才培養工程，面向企業、金融機構、政府財稅部門的高級定制課程已發展成為具有廣泛影響力的品牌項目。2011年，學院被國務院學位辦批準為碩士專業學位授予單位，先后獲得會計、審計、稅務、金融專業碩士學位授予權。2013年，學院的中外合作辦學項目（EMBA、EMPAcc）獲教育部資格認定。學院與美國亞利桑那州立大學合作的EMBA項目在英國《金融時報》排名中位穩居全球前40名。作為國家級繼續教育基地，學院還積極承擔社會責任，大力發展遠程教育，利用網絡成本低、覆蓋廣的優勢為廣大的基層會計人員以及西部地區的經濟管理人才提供優質的培訓課程。

　　面向未來，學院堅持“國際知名會計學院”的辦學目標，進一步探索完善符合學院實際的“一流培訓基地+知名商學院”的特色發展模式，努力將學院發展成為中國頂尖的財會人才培養基地、國家財會政策與企業財務運作的重要思想庫、全國性的會計信息集散中心以及重要的財會領域國際交流平臺，以更好地為實現會計強國目標服務，為財政中心工作服務，為經濟社會發展服務。