研究生院(Graduate School, 簡稱：GS）是經菲律賓高教委批準設立的永恒大學獨立學院，是菲律賓高教委認證的LEVEL4等級學院。學院位于永恒大學總校所在地菲律賓首都馬尼拉的Las Pi?as市，距馬尼拉國際機場僅30分鐘車程。學院下設教育學專業(yè)、護理學專業(yè)、工商管理專業(yè)以及公共管理專業(yè)等四專業(yè)，擁有6個博士學位授權點和16個碩士學位授權點，以及菲律賓移民局認證的留學生招生資格。截止目前，研究生院擁有菲律賓、韓國、印度、尼日利亞、中國等國家和地區(qū)的1300余名碩士、博士研究在此就讀。研究生院擁有一支高水平的研究生導師隊伍，現有112名教職人員，均為碩士以上學習，其中授課教授均為博士學歷。